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Cas délicats

Les billes qu'aucun attribut n'explique, les attributs définis par l'utilisateur, et la parcimonie qui tranche.

Chapitre 4 — Cas délicats & verdict

4.1 · Billes non expliquées

Il arrive que le masquage prive une bille positive de tous ses attributs candidats. SAgA la qualifie alors de bille non expliquée et ne rend aucun anticorps pour elle. Cela se lit de deux façons :

Une bille non expliquée avec ses deux interprétations possibles
Une bille positive ayant perdu tous ses attributs candidats. SAgA ne rend rien pour elle et vous en laisse l'interprétation.
  1. Un faux positif du test. Certaines billes sont connues pour donner fréquemment des fixations non spécifiques ; c'est ici l'explication la plus probable.
  2. Une liste d'attributs incomplète. Une cible pertinente peut tout simplement manquer parmi les candidats de la bille — ce que la section suivante transforme en solution.

4.2 · Attributs définis par l'utilisateur

Lorsque les attributs standard ne parviennent pas à expliquer une bille mais que la littérature étaye une cible précise, vous pouvez déclarer un attribut défini par l'utilisateur. SAgA le prendra en compte comme n'importe quel autre attribut.

Attributs standard uniquement
Tous les attributs standard sont masqués par des billes négatives, laissant la bille positive non expliquée
Les attributs alpha et bêta standard sont tous portés par des billes négatives : ils sont donc également retirés de la bille positive. Ne restant plus rien, elle serait signalée comme non expliquée.
Avec l'attribut défini par l'utilisateur
Un épitope QB2A5 défini par l'utilisateur sauve la bille ; QB2A5 = 4000 est rendu
L'utilisateur définit QB2A5 (un attribut alpha-bêta — le sérogroupe de la combinaison DQ2.5, DQA1*05 + DQB1*02). Aucune bille négative ne porte les deux ensemble, donc QB2A5 est propre à la bille positive : ses 4000 MFI sont attribuées à QB2A5 et rapportées, conformément à la littérature.

4.3 · Parcimonie

Les attributs personnalisés permettent aussi à SAgA d'expliquer le même signal avec moins d'anticorps. Lorsque deux interprétations rendent également compte des données, SAgA est parcimonieux : il retient la solution comportant le moins d'attributs. Bien entendu, vous ne devez ajouter un nouvel attribut que si sa création est scientifiquement justifiée.

Trois attributs indépendants
Trois chaînes alpha DQA1 définies indépendamment donnent trois anticorps distincts à 3000
Trois billes portent trois chaînes alpha DQA1 différentes (DQA1*04, *05, *06), toutes réactives à 3000. Définies indépendamment, elles donnent trois anticorps distincts.
Un épitope partagé
Définies comme un unique épitope partagé QA456, les trois se réduisent à un seul anticorps à 3000
Définies comme un unique épitope partagé QA456, les trois se réduisent à une seule entité. Face à ce choix, SAgA rapporte un unique anticorps QA456 à 3000 — la solution la plus parcimonieuse.