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Les entrées

Ce que vous donnez à SAgA, et ce qu'une bille est autorisée à représenter.

Pour commencer

0 · Les entrées & la vue d'ensemble

SAgA interprète les anticorps anti-HLA mesurés sur les tests Single Antigen. Fournissez-lui les valeurs lues sur les billes : il nettoie le signal, détermine quels anticorps sont présents et — si vous renseignez un donneur — signale ceux qui lui sont spécifiques. Tout au long de ce manuel, l'exemple utilisé est le test Luminex Single Antigen commercialisé par One Lambda (Thermo Fisher Scientific®), très répandu et donc représentatif de ce type de test.

SAgA accepte jusqu'à trois entrées :

  • Les MFI mesurées sur une liste de billes — la seule entrée obligatoire. Presque toutes les listes de billes Single Antigen sont prises en charge grâce aux mises à jour de la base IMGT.
  • Le typage du patient — facultatif, mais il améliore les résultats en permettant à SAgA de reconnaître comme du bruit une réactivité dirigée contre les antigènes du patient lui-même.
  • Le typage du donneur — facultatif. C'est lui qui débloque le verdict sur les anticorps spécifiques du donneur (DSA).
Vue d'ensemble de SAgA : trois entrées alimentent l'algorithme, qui produit des anticorps et un verdict DSA
Le déroulé en un coup d'œil : les MFI des billes (et facultativement les deux typages) entrent dans SAgA, qui restitue les anticorps avec leur MFI ainsi qu'un verdict de spécificité vis-à-vis du donneur.

Comment lire la suite de ce manuel

Les sections suivent l'ordre propre à l'algorithme : le signal est d'abord nettoyé, puis chaque bille est associée à ses cibles candidates, puis les anticorps sont lus chapitre après chapitre, et enfin la comparaison au donneur produit le verdict.

Les attributs : ce que peut représenter une bille

Pour attribuer chaque MFI à un anticorps précis, SAgA doit connaître, pour chaque bille, ses attributs — les cibles d'anticorps potentielles que porte cette bille. Les attributs sont définis par l'utilisateur, et c'est de là que vient la souplesse de SAgA. Une même bille peut être décrite à différents niveaux de détail :

Bille DQ — chaîne alpha et sérogroupe bêta

Une molécule DQ apparie deux chaînes ; une bille DQ peut donc se voir attribuer plusieurs attributs candidats : sa chaîne alpha (le gène DQA1) et son sérogroupe bêta. Les renseigner n'est pas obligatoire — pour certains, comme DQ5 ou DQ6, le sérogroupe bêta peut ne pas être défini, alors même que les allèles DQB sont disponibles. Parce qu'elles apparient deux chaînes, les molécules DQ (et DP) portent en général davantage d'attributs candidats que celles à chaîne unique. SAgA détermine ensuite lequel l'anticorps reconnaît.

Une bille DQ avec deux attributs candidats : la chaîne alpha DQA1 et le sérogroupe bêta DQ
Bille DQA1*05:01 / DQB1*02:01 → attributs candidats DQA1*05 (chaîne alpha) ou DQ2 (sérogroupe bêta).

Bille A*02 — sérogroupe ou antigène (allèle)

Une bille de classe I peut être décrite par un sérogroupe large ou par l'antigène précis codé par son allèle.

Une bille A*02:01 avec deux attributs candidats : le sérogroupe large A2 ou l'antigène A*02:01
Bille A*02:01 → attributs candidats A2 (sérogroupe large) ou A*02:01 (l'antigène codé par l'allèle).

La même bille A*02 — en mode eplet

Avec une liste d'eplets, cette même bille est décrite par une multitude de petits motifs, chacun étant une cible potentielle d'anticorps — une interprétation bien plus fine, au prix d'un plus grand nombre de candidats à départager.

La même bille A*02:01 développée en une liste d'attributs de type eplet
La même bille A*02:01, développée cette fois en liste d'eplets (62GE, 76VDT, 107W, 127K, 144K, 149AH, …) — de nombreux candidats par bille.

Pourquoi c'est déterminant

Des attributs correctement définis constituent l'entrée la plus importante que vous maîtrisez : ils disent à SAgA ce que chaque bille peut représenter et conditionnent chacun des anticorps rendus. La suite de ce manuel s'appuie sur de courtes listes sérogroupe/antigène afin de garder des exemples lisibles.