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Le bruit de fond

Nettoyer le signal avant toute interprétation, un locus à la fois.

Nettoyer le signal : le bruit de fond

Avant toute interprétation, SAgA retire le bruit de fond non spécifique, un locus HLA à la fois. Les fixations non spécifiques peuvent relever toutes les billes d'un locus, si bien que des billes ne portant aucun anticorps réel se lisent quand même au-dessus de zéro — la recette idéale pour des faux positifs.

SAgA traite cela en deux étapes :

  1. Prendre la bille la plus basse du locus et considérer ce minimum comme le niveau de bruit de fond du locus.
  2. Soustraire ce bruit de fond à chaque bille du locus. Les billes sans anticorps réel retombent à zéro ; les réactivités authentiques ne conservent que leur véritable excès.

L'avant / après ci-dessous porte sur un panel du locus A : les trois billes A2 sont à 5600, mais le bruit de fond a relevé toutes les autres billes à 600.

Sans traitement du bruit de fond
Panel brut : pris au pied de la lettre, le bruit de fond produit trois faux positifs à 600
Pris au pied de la lettre, SAgA rendrait quatre anticorps — le véritable anti-A2 à 5600, plus trois faux positifs (A1, A3, A11 à 600) produits par le bruit de fond et non par de vrais anticorps.
Avec traitement par le minimum du locus
Après soustraction du minimum du locus (600), seul le vrai signal anti-A2 subsiste
SAgA lit le minimum du locus (600) comme du bruit de fond et le soustrait à chaque bille : les négatives retombent à zéro et les billes A2 ne conservent que leur véritable excès (5600 − 600 = 5000). Un seul anticorps anti-A2 subsiste ; les trois faux positifs ont disparu.

Le garde-fou

Si au moins une bille du locus est déjà à zéro, le minimum vaut zéro et SAgA ne peut plus supposer un bruit de fond uniforme — il ne soustrait donc pas. Les billes relevées sont alors conservées telles quelles et rapportées comme de vrais positifs. C'est à vous de les juger.

Lorsqu'une bille est à zéro, la soustraction est suspendue et les billes relevées sont conservées
Ici une bille est réellement à zéro, donc le minimum du locus vaut zéro. La soustraction n'est pas effectuée et les billes à 600 ressortent comme de vrais positifs (A3, A11) à côté du véritable anti-A2.